Les premières initiatives pour la fondation d'un hôpital dans l'archidiocèse de Lomé (TOGO) à l'époque, furent tentées en 1959, par le Père Moise BONARDI alors Supérieur Provincial de la Province Lombardo-Veneta de Milan (ITALIE), par l'intermédiaire d'un prêtre togolais Père Gérard NYUIADZl, auprès de Mgr Joseph STREBLER, évêque de Lomé, avec l'approbation des autorités gouvernementales. Le prélat proposa comme site de fondation de l'hôpital, le village d'Afagnan situé à 80 km de Lomé capital de la république de Togo de la région ouest africaine.

Les premiers missionnaires hospitaliers de Milan, frères Onorio TOSINI et Aquilino PUPPATO, arrivèrent sur les lieux le 4 avril 1961, pendant le règne du Chef Augustin ADOLEHOUME V d'Afagnan. La première pierre fut bénie le 8 mars 1962 par Mgr Joseph STREBLER, en présence du premier Président de la république du TOGO, son Excellence Sylvanus Olympio. Le 4 juillet 1964 eut lieu la consécration de la chapelle par Mgr Robert Casimir Tonyui DOSSEH-ANYRON, successeur de Mgr STREBLER et le jour suivant on procéda à l’inauguration de l'hôpital d’Afagnan. Bien que comptant seulement 80 lits, il fut qualifié « du plus bel hôpital missionnaire de la côte occidentale de l'Afrique ».

D’Afagnan, ces pionniers seront accueillis au BENIN voisin, par les autorités administratives, où ils étendront l’hospitalité de Saint Jean de Dieu en ouvrant le même Hôpital missionnaire à Tanguiéta au Nord, le 29 juin 1970, sur invitation de l’Administrateur Apostolique Mgr CHOPARD puis de Mgr Patient REDOIS.